در واکنش به انتقادهای گسترده دانشجویان و استادان از آیین‌نامه انضباطی جدید در دانشگاه‌ها، سخنگوی وزارت علوم از آن دفاع کرد و آیین‌نامه پیشین را «نامتناسب» با اعتراضات دانشجویی اخیر عنوان کرد.به گزارش «اعتماد‌آنلاین»، علی شمسی‌پور، روز جمعه، دوم دی، اعتراضات اخیر در دانشگاه‌ها را «بی‌سابقه» خواند و ضمن تاکید بر ضرورت «به‌‌روزرسانی» آیین‌نامه انضباطی دانشجویان «متناسب با وضعیت امروز دانشگاه‌ها» گفت: «مدیریت دانشگاه‌ها و کمیته‌های انضباطی بر مبنای تغییر رویکرد اغتشاشات اخیر باید ابزار در دست داشته باشند و تغییرات آیین‌نامه انضباطی جدید، متناسب‌سازی این ابزار است که به صورت حداقلی اتفاق افتاده است.»
مقامات جمهوری اسلامی همواره از واژه «اغتشاشات» برای اشاره به اعتراضات مردمی و دانشجویی استفاده می‌کنند.
در آیین‌نامه انضباطی جدید که روز یکم آذر با امضای وزرای علوم و بهداشت به دانشگاه‌ها ابلاغ شد، مجازات‌هایی که برای دانشجویان «متخلف» در نظر گرفته شد، شدیدتر شده و تا «اخراج کامل دانشجو از دانشگاه»، «اخراج دانشجو از دانشگاه با محرومیت از تحصیل در کلیه دانشگاه‌ها تا پنج سال» و «ابطال پایان‌نامه و رساله و مدرک تحصیلی» افزایش یافته است.
همچنین در این آیین‌نامه، مواردی هم که به عنوان «تخلف» ذکر شده گسترش یافت و به‌ویژه محدودیت‌های شدیدتری در زمینه فعالیت دانشجویان در محیط دانشگاه و فضای مجازی در نظر گرفته شد.
ابلاغ آیین‌نامه جدید انتقادهای گسترده دانشجویان و استادان دانشگاه را در پی داشت، از جمله ده‌ها عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی تهران، در نامهای به رئیس این دانشگاه ضمن اعتراض به این آیین‌نامه خواستار بازگشت به شیوه‌نامه قبلی شدند.
در این نامه خطاب به رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران، از «بازنگری تنگ‌نظرانه شیوه‌نامه اجرایی آیین‌نامه انضباطی» به عنوان «ابزاری برای خاموش ساختن صدای اعتراضات دانشجویان» نام برده و گفته شد که در آن «اصول به شکلی ویرایش یافته که به جای آنکه برخورد انضباطی را حتی از دادرسی منصفانه قضایی، به نگاه تربیتی-پرورشی تلطیف کند، بسیاری حقوق دانشجو به عنوان متهم را حذف و اصل را بر سرعت دادرسی و اثر پیشگیرانه از طریق تشدید مجازات‌ها کرده است.»
دانشگاه‌های ایران از ابتدای سال تحصیلی و همزمان با آغاز اعتراضات سراسری در پی مرگ مهسا امینی در اواخر شهریورماه به یکی از کانون‌های اصلی این اعتراضات تبدیل شد. در این اعتراضات، دانشجویان شعارهایی را به‌ویژه علیه رهبر جمهوری اسلامی سر دادند.
اما پس از حمله نیروهای حکومتی به دانشگاه‌ها و سرکوب خشونت‌بار اعتراض‌ها، بازداشت، تعلیق و ممنوع‌الورود کردن صدها دانشجو، دانشجویان معترض با شدت بخشیدن به اعتراض‌ها، خواستار خروج نیروهای حکومتی از دانشگاه‌ها، برداشتن فشار از دانشجویان، آزادی فوری بازداشت‌شدگان و ابطال احکام صادره علیه دانشجویان از سوی مسئولان دانشگاه و دستگاه قضائی شدند.
علی شمسی‌پور، سخنگوی وزارت علوم، در دفاع از «ممنوع‌الورود شدن» تعدادی از دانشجویان از آن به عنوان «یک عامل بازدارنده» با هدف «آرام کردن دانشگاه‌ها» نام برد و گفت: «رؤسای دانشگاه‌ها مجاز هستند که متناسب با اتفاقی که افتاده است، اجازه ورود به دانشجویی را ندهند.»
آقای شمسی‌پور در ادامه دانشجویان را به «خشونت» متهم کرد و با ادعای ارتباط اعتراضات دانشجویی با «تشکیلات و شبکه‌های خارج از کشور» از حضور «نیروهای غیردانشگاهی» در دانشگاه‌ها دفاع کرد و به صورت تلویحی تهدید کرد که در صورت عدم پایبندی دانشجویان به آیین‌نامه‌ها «متناسب با رفتار متخلفان نسبت به اجرای قوانین انضباطی اقدام میشود.»
مقامات جمهوری اسلامی ایران در حالی دانشجویان را به خشونت متهم می‌کنند که گزارش‌های تصویری متعددی از به‌کارگیری اسلحه و باتوم از سوی نیروهای حکومتی و لباس‌شخصی در دانشگاه‌ها منتشر شده و دانشجویان بارها از استفاده از گاز اشک‌آور از سوی این نیروها خبر داده‌اند.
بر اساس اعلام کمیته پیگیری وضعیت بازداشت‌شدگان، تاکنون بازداشت حدود ۶۷۰ دانشجو از دانشگاه‌های مختلف کشور تایید شده، اما تاکنون آماری از تعداد دقیق دانشجویان اخراجی و تعلیق‌شده منتشر نشده است.
